氣調系統是氣調庫的核心，因為氣調庫的氣體成分主要是通過氣調系統調節O? 、CO? 、N?之比例并降低乙烯濃度。調節方式通常采用充氣置換式快速降氧，即通過制N?機制取濃度較高(一般含N?量不低于96%)的N?氣，并將其通過管道充入庫內，在充N?的同時將含O?量較多的庫內氣體通過另一管道放空，如此反復充放，即可將庫內的O?含量降至5%左右，然后通過果蔬自身的呼吸作用繼續O?。一般氣調庫內的O?濃度要求控制在1%~5%，誤差不超過±0.3%。
根據貯藏工藝要求，庫內CO?濃度的調控首先是提高CO?含量，即通過果蔬切花菜產品的呼吸作用將庫內的CO?濃度從0.03%提高到上限，然后通過CO?脫除器將庫內的多余CO?脫掉，如此往復循環，使CO?濃度維持在所需的范圍之內。
由于有些采后的果實在貯藏期間對乙烯特別敏感，即使有微量乙烯存在，也會嚴重影響貯藏效果，因此，必須對庫內的乙烯進行脫除和監控，使環境中的乙烯含量始終保持在果實允許的閾值以下，同時避免大氣中可能出現的外源乙烯對貯藏保鮮的影響。
因此，氣調庫的氣調系統由制氮機、二氧化碳脫除機、乙烯脫除機與氣調門、氣調袋、氣體檢測設備以及閥門、管道等組成。
