(一)壓力保護
螺桿式制冷壓縮機的壓力保護主要有高壓保護、低壓保護、潤滑油供給的油壓差保護、潤滑油過濾器的油壓差保護等。各種壓力保護自動控制的基本方法與活塞式制冷壓縮機的壓力保護自動控制相類似。所不同的是潤滑油供給的壓差控制器的保護，活塞式制冷壓縮機是指油泵排出壓力與吸氣壓力之差，而螺桿式制冷壓縮機是指油泵排出壓力比排氣壓力高0.2~0.3MPa，以保證向螺桿式制冷壓縮機腔內噴油。潤滑油過濾器油壓差控制器壓差調定值為0.1MPa，超過此值時說明過濾器需清洗更換了。
(二)溫度保護
螺桿式制冷壓縮機的溫度保護主要有排氣溫度保護、油溫保護、水溫保護等。各種溫度保護自動控制的方法也與活塞式制冷壓縮機溫度保護的方法相類似。所不同的是螺桿式制冷壓縮機對油溫的要求比較嚴格，這主要是考慮潤滑油的粘度，油的粘度偏高會增加攪動功率損失，油的粘度偏低時又會使密封效果變差，所以對油溫的控制，一般要求噴油的溫度為4090.當油溫超過65℃時，控制油溫的溫度控制器動作，停止制冷壓縮機的工作。使用氨工質的制冷壓縮機，推薦油溫值為25~55 ℃，使用氟利昂工質的制冷壓縮機，推薦油溫值為25~45 ℃。由于氟利昂有與潤滑油互溶的特性，控制溫度應較以氨為工質的低些。
