氣調庫在做到氣密要求后是基本密封的，因結構強度的關系，庫內氣壓不應超過180 Pa。而庫內溫度變化會造成庫內壓力的變化，會使圍護結構的兩側產生壓差。這種壓差如不能及時消除或控制在一定的范圍內，將會對圍護結構產生危害，輕則破壞圍護結構的氣密層而降低氣密性，重則會造成圍護結構的脹裂或塌陷的重大事故。因此，對氣調庫來說庫體的安全也是個不容忽視的問題。
氣調庫的安全措施主要是設置安全間和氣調帳，這樣可以防止庫內產生過大的正壓和負壓，緩解庫內外的壓差，使建筑結構和氣密層免透破壞。氣調庫出現庫內壓力變化的原因有庫內溫度的波動、冷風機周期性的開停、制冷盤管的除霜、二氧化炭脫除設備脫除了二氧化碳等。
安全間的實質是一個水封裝置，設置在氣調庫的側板上，一般是在穿堂側。在氣調庫的使用中，安全閥內始終保持一定水柱(冬季為防止凍結，也可用鹽溶液等不凍液代替)高度的封閉液體，以隔斷庫內外氣體交換。一般控制的水位差為25 mm.
氣調儲藏中，放滿果蔬后庫房容積利用率一般為0.7。根據查理定律，當壓力恒定時，體積與絕時溫度成正比，如果庫溫變化1℃，則容積變化0.25%。若庫溫變化緩慢，通過安全閥就可以補償壓力或體積的改變而不需進入過多的室外空氣；若庫溫波動頻繁，庫內氣體的排除和庫外氣體的吸入也會頻繁，從而造成庫內氣體成分不穩定。在此情況下，可以通過設置氣調帳的辦法來解決。氣調帳的容積可按空庫容積的0.5%一1%確定，材料可選用增強聚乙烯塑料，設置在每間氣調間的頂部外側。當冷風機融霜時，庫內溫度升高，引起庫內氣體體積膨脹，氣調帳被膨脹氣體充滿：當室內溫度降低時，庫內氣體體積冷縮，袋中原先進入的氣體代替庫外新鮮空氣被吸入庫內，這樣就可以減少庫內氧氣濃度的升高。國外也有將氣調帳和安全閥用同一根聚氟乙烯管子引出的。
