造成真空性能不良的原因很多，主要有五個方面：真空系統泄漏量過大：真空泵組性能變差：冷阱制冷能力下降：冷阱化冰不徹底，冷阱、凍干箱排水不干凈：升華加熱量過大。
前二者一方面使凍干箱內不凝性氣體增多，增大了箱內全壓。
另一方面由于冷阱的冷凝表面上不凝性氣體增多，阻碑了水蒸氣在凝結表面凝結，又進一步提高了冷阱和凍干箱的壓力，使真空度進一步下降。
冷阱制冷能力下降，迫使制冷機的蒸發溫度上升以提高制冷量，因而冷阱和凍干箱的壓力也隨之上升，即真空度下降。
冷阱化冰不徹底，再次凝華時，冰層厚度增加，傳熱溫差增大。
冰表面的溫度和與之相對應的水蒸氣飽和溫度亦增高，真空度降低。冷阱、凍干箱排水不徹底，預凍時這些水被凍結，升華時，這些被凍結的冰會升華，增大了冷阱的凝華熱負荷，一方面因熱負荷大，制冷機蒸發溫度會上升，另一方面由于熱負荷增大，其凝華的傳熱溫差也增大了，這樣都使冰表面的溫度和相應的飽和水蒸氣分壓力提高了，降低了真空度。
升華加熱量過大，會使升華的水蒸氣過多，拎阱的凝華熱負荷過大，同樣也會降低真空度。
運轉中如遇真空性能不良，則可按下述方法處理。如果找到原因，且能在運轉中處理，當然應及時處理；若當時無法判定原因或哲時還無法處理，則只有減少升華加熱量，降低升華速率，維持低速升華，待該批產品出箱后，再行分析和處理。
停產后，首先關閉泵阱閥，啟動真空泵組測量其極限真空度，若極限真空度低于設備應達到的極限真空度，則可能是真空泵組性能變差。
若制冷系統和真空泵運轉均正常，而冷阱的溫度比在冷阱壓力下的水蒸氣飽和溫度低許多，且制冷機的蒸發溫度又不上升，則可能是真空系統漏空氣量太大。
若冷阱壓力比冷阱溫度所對應的水蒸氣飽和壓力高得多，而制冷系統的蒸發溫度比平時高，制冷機的運行又屬正常，則可能是加熱量過大，或冷阱化冰不徹底或凍干箱排水不徹底。這時應先將冷阱徹底化冰，凍干箱徹底排水，排除該因素的影響，再判定是否加熱量過大。
