1. 運輸條件受制約
我國醫藥公司普遍采取的小批量、多批次的發運方式，決定了其很難實現冷藏品的規模集運，這也給選擇物流公司帶來了困難。我國醫藥企業最頭疼的一個物流管理問題就是冷藏品不好運輸和托運。尤其是一些物流市場不發達的二線城市，社會物流企業普遍不具備冷藏品運輸的條件，因此許多醫藥企業明確規定，冷藏品不得托運。這也體現出我國冷鏈物流落后制約我國醫藥配送業務發展的弊端。
2. 藥品質量監控欠缺
醫藥產品由于不同于其他物品，在物流配送方面也不同于一般產品，有著嚴格的溫度控制規定（即需要全程冷鏈，保持2℃~8℃恒溫）。但目前中國冷鏈體系仍然存在缺乏統一行業規范、實時監控體系缺位、缺乏完善的追溯機制、行業惡性競爭等問題，難以保證藥品的質量。在質量監控這一塊有待規范。
3. 冷鏈物流標準有待完善
現國家標準《物流術語》中對冷鏈的定義是“為保持新鮮食品及冷凍食品等的品質，使其在從生產到消費的過程中，始終處于低溫狀態的配有專門設備的物流網絡”，并定義了溫度保持在0℃~10℃范圍內的倉庫區域為冷藏區，溫度保持在0℃以下的倉庫區域為冷凍區。冷鏈包括低溫加工、低溫運輸與配送、低溫儲存、低溫銷售四個方面。在國外，冷藏鏈的概念最早由美國人阿爾貝特·巴爾里爾（Albert Barrier）和英國人J.A.萊迪齊（J.A.Ruddich）于1984年先后提出。“供應鏈包括從原材料階段到最終用戶階段的與貨物的流動與轉化有關的一切活動，供應鏈管理就是通過增強供應鏈成員間的關系來整合這些活動，以達到可持續發展的戰略優勢。”
