產品干燥不徹底，可能是由下述一些原因產生的。
①干燥時間太短或溫度太低，或二者兼而有之。
若溫度計、真空表正常，連續幾批干燥不徹底，則應延長干燥時間，在可能的情況下提高升華溫度。若以前產品質量正常，則可能因分裝誤差、凍結速率誤差、真空度誤差所造成，也應適當延長干燥時間。還可能是溫度計不準，實際升華溫度低于設定升華溫度。
②凍結速率太快，晶粒太細，使升華速率減慢。
由于氣候變冷，或裝量減少，或空箱降溫時間延長，均會使凍結速率加快，晶粒變細，阻礙水蒸氣的逸出，因而需延長干燥時間，或降低凍結速率。
③凍結不徹底，使凍結產品與容器壁間形成間隙或氣阻，降低傳熱效果。
由于凍結不徹底，在抽空升華時產生蒸發凍結，使產品的體積變小，在產品與容器壁間形成間隙，熱不能傳給產品。隨著升華的進行，凍結塊周圍的冰首先升華，形成一層絕熱的干燥層包圍凍結塊，使熱量更難傳給凍結物，因此所需干燥時間延長。
④部分產品干燥不徹底。
這可能是擱板間溫差太大，托盤或擱板撓曲太厲害，盛產品的瓶子底面不平或不均勻，或產品分裝不勻所造成。對于質量較差的凍干機，只有延長凍干時間，以使絕大多數產品的含水量符合要求。
產品出箱時制品就是間隙很大的骨架結構，甚至是絨毛狀物質，出箱后絨毛狀物質又很快消散。其主要原因是產品配方中所含固體物質太少，凍結時，自由水結成純冰所占體積增大，升華后形成的孔隙也大，可能使有用成分在升華時隨水蒸氣一起飛散。
所形成的絨毛狀物質，本來是產品的固體組分，一遇空氣就會吸收水蒸氣熔化而消失。解決的辦法是在配方中增加填充劑。
產品出箱時，有泡坑、干縮、塌陷、空洞等缺陷。其主要原因是，凍結溫度過高，或時間太短，產品尚未完全凍結；或第一階段干燥時溫度過高，壓力過高，使部分產品熔化所致。在未凍牢時抽空升華，外部壓力迅速降低而引起鼓泡；熔化了的產品產生蒸發濃縮，就會呈萎縮形狀；一部分未干產品因加熱過猛而熔化，也會使已干部分的固體物質溶解于其中，造成已干部分熔成空洞或塌陷。因此，操作時，一定要使產品凍牢，升華時不能超過產品的共熔點溫度或崩解溫度。
產品在深度方向上顏色和孔隙度不均勻。
可能是由于分裝后擱置時間太長，溶液中不能溶解的成分發生沉淀。
