冷藏集裝箱內部的貨物堆裝方式，對冷藏集裝箱內部氣流組織的影響較大。由于氣流總是向流動阻力最小處流動，因此，要保證冷藏集裝箱內部良好的氣流組織分布，必須做到：在任何情況下冷藏集裝箱內部的貨物裝載高度都不能超過最高貨物裝載線，以確保冷藏集裝箱內部有足夠的回風通道，使氣流能順利地返回到制冷裝置。在任何情況下都不能有直接裸露的T形風軌，必須使冷藏集裝箱整個底部處于被貨物或其他遮蓋物覆蓋的狀態。在貨物裝載量不足時，在未被貨物包裝箱覆蓋區域，必須用硬板紙等將底部全部覆蓋住，使送入冷藏集裝箱底部T形風軌的冷風只能從貨物裝載區向上流動，并從貨物內部或表面吹過，帶走熱量，形成良好的箱內流量循環。
由于果蔬等貨物在運送過程中存在呼吸現象，一般多用有透氣孔的包裝箱裝載，因此，在裝載果蔬類冷藏貨物時，應注意使上下箱的透氣孔對齊，從而使冷卻空氣能從對齊的透氣孔穿過，帶走貨物所釋放的熱量。對于在運送過程中不產生熱量的冷凍貨，一般用密封的包裝箱包裝，由底部T形風軌送入的冷風，僅僅從冷凍貨的外部吹過，帶走通過箱壁傳入的熱量，保證貨物處于低溫狀態。
冷藏集裝箱在貨物裝箱前無須進行預冷，除非當從有密封門的冷庫中裝貨時才有必要進行預冷，否則不但造成不必要的能量浪費，而且由于在貨物裝載過程中，大量外界熱濕空氣進入冷藏箱內，產生凝水，對貨物造成損害。
