微生物容易引起食品的變質，冷庫消毒是指消滅冷庫中的微生物。霉菌和致病菌不同，它本身是無害的，也不產生毒素，但是生了霉菌后嚴重地損害了商品的外觀，并促進了肉類、蛋品的霉爛變質。霉菌生長以后，肉眼都可以看到，所以除霉工作比消毒工作更受到企業單位的重視。常見的消毒除霉方法有機械方法、物理方法和化學方法。
1. 機械方法
空氣洗滌法。在進風口處裝一噴水器，空氣在循環時通過水幕而將霉菌的孢子洗去，這種方法就像現在的濕式冷風機一樣，可以起到減少霉菌的效果。
2. 物理方法
溫度控制法。霉菌生長的溫度一般在-6℃~40℃之間，因此在凍結物冷藏庫中很少看到霉菌的生長，在溫度方面的控制可以有限制地使用。
紫外光照射法。紫外線具有殺菌、除霉、除臭三種效果，每立方米1瓦紫外線光等配備，每晝夜平均照射3小時。紫外光的作用受溫度和濕度的影響較大，越接近微生物生長的正常溫度，濕度越高，殺菌除霉的能力也越強。
銅絲網過濾法。在進風口處裝置一個銅絲做的網子，可以殺滅一部分霉菌。
3.化學方法
常見的化學方法包括化學試劑氣體消毒除霉和化學試劑粉刷消毒除霉。
化學試劑氣體消毒除霉包括二氧化碳法、臭氧法、乳酸法、甲醛法。
二氧化碳法。二氧化碳在任何濃度下都不能殺死霉菌，只能延緩霉菌的生長。一般認為，在0℃下，室內二氧化碳的濃度為10%時，可以把冷卻肉的冷卻保鮮期延長一倍以上。
臭氧法。臭氧具有殺菌、除霉、除臭三重功效，將臭氧引入冷庫內，濃度為1~3毫克/立方米即可。但是臭氧能使瘦肉變色和脂肪氧化，同時臭氧對人的粘膜有刺激，所以采用時應該注意。
乳酸法。乳酸法既能除霉、殺菌，也能除臭。先將庫房出清，每立方米容積用1毫升粗制乳酸，每份乳酸再加1~2份清水，將混合液放在搪瓷盆內，置于電爐上加熱蒸發，一般要求將藥液控制在0.5~3小時蒸發完。然后關閉電爐，密閉庫門6~24小時，使乳酸充分與細菌或霉菌作用，以期達到消毒的目的。
甲醛法。福爾馬林蒸汽既能除霉也能滅菌，但氣味很大，會影響肉的品質，且對人體有害。使用時應先把庫出空，將福爾馬林放在密閉桶內用管子通入冷庫，下面用火燒；或者將福爾馬林放在開口桶中置于冷庫內，放入適量高錳酸鉀或生石灰，再加些水，待產生氣體時，人員外出閉好庫門。用福爾馬林蒸汽消毒幾小時后，再用氨水放在庫內吸收福爾馬林氣味，再通風除去氣味。一般每立方米容積使用15毫升福爾馬林。
粉刷化學試劑。①粉刷漂白粉。用4%漂白粉溶液進行洗刷消毒，效果很好。如果在5份漂白粉中加入7份石堿效果更好。消毒幾小時后進行通風排氣。②粉刷氟化鈉。用2折氟化鈉和2%高嶺土混合粉刷墻壁，在0℃下可以1~2年不生霉。③粉刷羥基聯苯酚鈉。用2%羥基聯苯酚鈉溶液涂刷除霉。使用這種方法，氣味既不會傳染到肉上，也不會腐蝕器皿，但在涂布時要做好防護措施。
