制冷機組的程序控制，包括機組的開機程序，正常關機程序與故障關機程序。這些程序是保證機組安全可靠運行的前提條件，也是延長機組壽命，減小機組事故發生率的必要保證。開機程序包括在全自動狀態下正常起動及循環起動。正常起動即是機組的起始開機，循環起動即是機組在冷水低溫停機后的再起動。正常起動需要操作人員按下機組“運行”按鈕，當機組接到這個指令后.即按順序依此開冷水泵、冷卻水泵及液壓泵，并檢測冷水泵、冷卻水泵的流量是否正常，油壓是否正常，隨后延時開主機。主機根據冷水出水溫度自動調節導葉，進入正常的反饋控制階段，開機的程序框圖見圖50-31。
機組橋環起動前，主機處于待命狀態，等待冷水出水溫度回復。當冷水出水溫度回升至某一溫度后，同時機組的停機也已超過了一定的時間，油溫也大于一定的值時，則主機進入自動再起動狀態，起動程序框圖見圖50-32。
停機程序包括正常停機和故障停機。正常停機又包括手動停機與自動停機。手動停機是由于用戶按了“停止”按鈕。自動停機則是因為冷水出水溫度過低而導致的。它們的停機順序荃本相同，唯一不同的是自動停機將使冷水泵持續運行，直到再開機。手動與自動停機程序框圖見圖50-33。另外，故障停機的順序與上述手動停機順序相同，只是控制系統還在顯示器上閃耀顯示故障代碼并報警。
此外，機組還設有緊急停機按鈕，無論機組處于何種控制狀態，緊急停機按鈕均有效。在特殊情況下需要緊急停機時，按下按鈕，主機將自動停機、報替，并在顯示器上顯示相應代碼。
