食品真空冷凍干燥工藝流程大致如下:原料→凍干預(yù)處理→冷凍干燥→包裝貯藏等。其中凍結(jié)和干燥兩個(gè)過(guò)程是整個(gè)工藝的重點(diǎn)。由于食品種類(lèi)、品種、預(yù)處理方式、凍結(jié)快慢、含水率及凍干機(jī)性能等多種因素影響，目前還沒(méi)有一種通用的工藝流程。
(1)原料 首先要選擇優(yōu)質(zhì)的食品原料進(jìn)行凍結(jié)干燥，這是獲得高質(zhì)量?jī)鼋Y(jié)干燥產(chǎn)品的前提。
(2)凍干預(yù)處理 指凍結(jié)前對(duì)食品進(jìn)行必要的物理、化學(xué)處理，如清洗、分級(jí)、切分、粉碎、燙漂、殺菌、添加抗氧化劑、濃縮等。食品原料不同，預(yù)處理的內(nèi)容也不相同。
(3)冷凍干燥 冷凍干燥階段包括凍結(jié)、升華干燥和解吸干燥。
(4)包裝貯藏經(jīng)過(guò)冷凍干燥的食品含水率很低，其多孔疏松結(jié)構(gòu)極易吸濕和氧化，所以一定要進(jìn)行包裝。一般要求包裝材料安全、無(wú)毒副作用、不吸濕、不透氣、能遮光、有一定的機(jī)械強(qiáng)度，能滿足機(jī)械充填、密封要求，并易于貯運(yùn)和使用。
經(jīng)過(guò)包裝的冷凍干燥食品，在條件允許的情況下，盡可能放置于低溫環(huán)境中貯藏。如果貯藏溫度偏高，極易出現(xiàn)結(jié)塊、變色、塌陷等現(xiàn)象，從而影響貯藏期。
