通風的目的主要有2個，其一為排除果蔬運輸途中釋放的過多水氣、CO?及乙烯和其他氣體，保證果蔬不受有害氣體的傷害；其二為幫助調節車內溫度。
機械冷藏車一般有自然通風與強制通風裝置，在途中或停站時通風。加冰冷藏車因無強制通風裝置，在途中可開啟通風口利用車輛與空氣的相對運動來通風。在停站時，只能在通風口臨時裝設風扇進行通風。如通風的目的是為了換氣時，則冷藏車的通風在熱季及溫季要求進入車內的空氣溫度低于車內溫度，熱季通風應在夜間或清晨進行。否則不宜通風或須進行空氣的預冷。在寒季一般不進行通風，以免凍壞產品。溫、寒季為調節溫度而通風時，應根據貨溫確定通風量，外界氣溫過低時，通風要緩慢，應在白天進行，否則易凍壞產品。外溫<-10℃時應停止一切通風。
在采用保溫車運輸時，在某些情況下，通過通風量的調節，可使運輸允許時間滿足更長運輸距離的要求。
