食品凍結后水變成冰形成了一個穩定的固體骨架，當冷凍干燥后冰晶升華，使固體骨架基本維持不變。因此，凍干食品的收縮率遠遠低于其他干制品，能夠保持新鮮食品的形態。凍干食品由于脫水較徹底，包裝適當.不加任何防腐劑，對儲存時的環境溫度沒有特別要求，即在常溫下可安全地儲存較長的時間，因此，在儲存、銷售等經常性費用方面遠遠低于冷凍食品。
凍干食品冰晶升華后，溶于水中的無機鹽等溶解物就地析出，避免了用一般干燥法時由于食品內部水分向表面遷移，使之攜帶的無機鹽等成分在表面析出的問題。因此，凍干食品無表面硬化問題。
食品在冷凍干燥時，由于低溫，各種化學反應速率較低，故食品中各種色素分解造成的褪色、酶及氨基酸引起的褐變幾乎不會發生。所以，凍干食品不需添加任何色素，最大限度地保留了食品的原有色澤。食品在冷凍干燥時，由于低溫，成分揮發性低，且無氧化反應，故無異味產生。冷凍干燥后食品中的芳香成分濃度相對增加，所以，凍干食品風味不變，香氣更加濃郁。
由于食品凍結后要進行冷凍干燥，食品內的細小冰品在升華后將留下大量空穴，呈多孔海綿狀，在復水時能迅速滲入并與干物料充分接觸，可使凍干食品在幾分鐘甚至數十秒內完全復水，因而最大限度地保留了新鮮食品的色、香、味。所以，凍干食品其有極強的復水性能，是高質量的速食方便食品。由于食品的冷凍干燥在低溫及高真空度下進行，避免了食品中熱敏性成分的破壞和易氧化成分的氧化。所以，凍干食品的營養成分和生理活性成分損失率最低，這是某些功能性食品采用凍干食品為基料的主要原因。
但是，凍干食品一旦暴露于空氣中容易吸濕潮氣，故包裝材料要絕對隔濕防潮。凍干食品表面積與其體積之比的比表面積較大，在儲存期間食品中的脂肪容易氧化造成脂肪酸敗。所以，凍干食品要采用真空包裝，最好充氮包裝。凍干食品一般所占體積相對較大，不利于包裝、運輸和銷售，所以常被壓縮之后再包裝。凍干食品因具有多孔海綿狀疏松結構，在運輸、銷售中易破碎及粉末化，所以，對不便壓縮包裝的凍干食品，應采用有保護作用的包裝材料或形式，凍干食品的生產需要低溫快速凍結制冷設備和高真空設備等，且冷凍干燥時間一般較長，所以，導致投資費用較大，生產成本較高。但隨著凍干技術的提高，凍干設備的國產化，凍干食品的生產成本將會降低。
