貯藏中是指入庫后到出庫前的階段，這個階段生產管理的主要工作是按氣調貯藏要求，調節、控制好庫內的溫、濕度和氣體成分，并做好貯藏果蔬的質量監測工作。具體要求如下。
(1)貯藏條件的調節與控制包括庫房預冷和果蔬預冷。預冷降溫時，應注意保持庫內外壓力的平衡，只能關門降溫，不可封庫降溫，否則可能因庫內溫度的升高(空庫降溫后因集中進貨使庫溫升高)或降低(隨冷卻設備運行，庫溫回落)，在圍護結構兩側產生壓差，對結構安全構成威脅。封庫氣調，應在貨溫基本穩定在最適貯藏溫度后進行，且降氧速度應盡可能快。
(2)氣調狀態穩定期的管理指從降氧結束到出庫前的管理。這個階段的主要任務是維持貯藏參數的基木穩定。按氣調貯藏技術的要求，溫度波動范圍應控制在±0.5℃以內;氧氣、二氧化碳含量的變化，也應在±0.5%以內;乙烯含量在允許值以下;相對濕度應在90%~95%。
氣調庫貯藏的食品一般整進整出，食品貯藏期長，封庫后除取樣外很少開門，在貯藏的過程中也不需通風換氣，外界熱濕空氣進入少，冷風機抽走的水分基本來自食品，若庫中的相對濕度過低，食品的干耗就嚴重，從而極大地影響食品的品質，使氣調貯藏的優勢無法體現出來。所以氣調庫中濕度控制也是相當重要的。當氣調庫內的相對濕度低于規定值時，應用加濕裝置增加庫內的相對濕度。庫內加濕可以用噴水霧化處理。
貯藏中的質量管理，包括經常從庫門和技術走廊上的觀察窗進行觀察、取樣檢測。從果蔬入庫到出庫，始終做好果蔬的質量監測是十分重要的，千萬不要片面地認為，只要保證貯藏參數基本穩定，果蔬的貯藏質量就可保證。
