氣調庫的制冷系統與高溫冷藏庫的制冷系統基本一致。但由于氣調貯藏的特殊性，故其制冷系統的設置應注意以下問題。
(1)制冷壓縮機和蒸發器的配置。在選配制冷壓縮機和蒸發器時，應充分考慮其制冷負荷與冷藏庫的不同之處。首先，氣調庫的圍護結構耗冷量比冷藏庫小，這是由于氣調庫要求盡量減少外界氣溫對貯藏溫度的影響，因而圍護結構的熱阻值要求比冷藏庫大，隔熱層較厚。其次，氣調庫在入庫階段的貨物熱負荷較大，與進貨速度快、時間短及容積利用系數高(同樣容積，氣調庫裝貨多)等有關。再次，氣調庫不存在與外界通風換氣的熱負荷，而存在氣體調節的熱負荷，兩者相比，后者比前者小。最后，氣調庫的操作熱負荷只有照明熱量,沒有開門熱量和操作人員熱量,操作熱負荷比冷藏庫小。因此，應根據氣調庫的冷卻設備負荷與機械負荷來選配蒸發器和制冷壓縮機。
(2)由于氣調庫的圍護結構氣密性要求嚴，為提高庫內相對濕度,蒸發器的傳熱溫差宜小不宜大，以減小蒸發器的結霜速度及減少結霜量和加濕器的功率消耗。
(3)氣調庫在入庫和貯藏穩定階段的熱負荷相差較大，當蒸發器選用冷風機時，其軸流風機應采用雙速風機，即用改變風速的方法來調節蒸發器的換熱能力，以滿足熱負荷變化的要求并減少貨物的干耗。
(4)貯藏溫度的靜態偏差控制值宜小不宜大，對降低貯藏溫度波動的幅度，以及相應地減小庫內外壓差和庫內氣體濃度的波動等都是至關重要的。
(5)為了便于管理，庫內制冷、加濕等設備的安裝位置應考慮易于觀察和便于維修。
(6)進入庫內的制冷(包括加濕、氣調)管道以及與之相關的水電管線，在穿墻處的氣密處理十分重要，不得漏氣。
(7)庫內加濕裝置不宜采用電加熱或蒸汽加濕之類的裝置，以減小庫內的熱負荷。
(8)制冷沖霜不宜采用熱工質或電化霜，宜用水沖霜，既可減少庫內熱負荷，又有利于庫內相對濕度的提高。
氣調庫的制冷系統有集中式制冷系統和分散式制冷系統兩種形式，各有利弊。
