中小型冷庫制冷系統維修后的起動工作完成以后，即可轉入自動運轉。在其運行過程中操作人員應做好以下幾個方面的巡視檢查工作。
（1）運轉中壓縮機不應有局部激熱，制冷系統各連接處不應有油漬(開啟式壓縮機軸封處允許有少量滲油現象)。
(2)運轉中壓縮機的排出壓力和溫度。壓縮機吸、排氣壓力是判斷系統工作是否正常的重要依據。冷庫制冷裝置多數為水冷冷凝器，考慮水的溫度變化(夏季最高為28-33℃)其冷凝溫度多在25-35℃范圍內，故其壓縮機的排氣壓力一般數值為：RI2是0.8~1.0MPa.最高不應超過1.2MPa，最低不低于0.6MPa；R22是1. 6-1.9MPa，最高不超過2.0MPa。對于風冷冷凝器，隨冷凝溫度的提高其冷凝壓力也允許相應提高一定數值，但冷凝溫度(對R12）一般不應超過40℃，,最高排氣壓力不應超過1. 5MPa。壓縮機排氣壓力過高，必然造成排氣溫度高，而排氣溫度過高，又將惡化壓縮機的潤滑，影響運轉安全。因此，國標對活塞式制冷壓縮機做了最高排氣溫度不超過130℃ (R12)和150℃(R22)的規定。
（3）壓縮機的吸入壓力與溫度。通常把壓縮機的吸人壓力近似地看作制冷劑的蒸發壓力，與此壓力相應的飽和溫度即為蒸發溫度。在直接冷卻系統中，通常要求蒸發溫度比冷庫保持溫度低5~10℃，所以蒸發溫度為-25℃的情況下，就能滿足-15~-20℃的庫溫要求。在裝置運轉過程，保證吸入表壓力在0MPa以上是必要的。
(4)壓縮機的潤滑。潤滑是壓縮機正常運轉的基本條件。中小型冷庫制冷系統的壓縮機是借助曲軸和連桿大頭在曲軸箱下部的油槽里產生激烈的攪動而造成飛濺。汽缸鏡面上受到飛濺油而潤滑活塞、活塞銷及連桿小頭襯套。主軸承上部有一集油環，收集飛濺的油由此去潤滑主軸承及主軸頸。連桿大頭因浸在油中而有較好的潤滑。此外，還應注意曲軸箱內油位變化。曲軸箱內的油溫規定：開啟式壓縮機不超過70℃，封閉式壓縮機不超過80℃。
(5)制冷系統運轉過程中，應經常檢查自動控制元件工作與指示是否正常。
(6)制冷系統運轉過程還須檢查各冷庫降溫、保溫及低溫冷庫蒸發器結霜情況。
