百合一般在11月初采收，多用鍬掘出鱗莖，及時除去莖稈、泥土，剪掉須根。百合不耐風吹、日曬，新掘起的鱗莖不可在田間風吹、日曬，以防外層鱗片變色、失水。
采后的百合應及時裝運到陰涼處，均勻地攤鋪在地面上攤晾，散去田間帶來的熱量，進行預冷，以免產品發熱。
儲藏的百合應選色白、個肥大、球形圓整、抱合緊密、無散瓣、焦瓣的鱗莖，操作時應輕拿輕放，避免傷損。
可將選好并經預冷后的百合裝箱或裝塑料薄膜袋密封再裝箱，送入保鮮冷庫堆碼或上架儲存。保鮮冷庫儲藏溫度控制在0℃左右，相對濕度65%~75%，可儲至翌年春天出庫。
也可以將選好百合放在裝有干泥炭的聚乙烯薄膜箱中，將庫溫設置在-0. 5℃溫度左右，可以使百合儲藏期延長到半年以上。這是因為塑料薄膜可防止百合失水，在泥炭和低溫條件下可以抑制其生根、萌芽和病害發展。
