冷凍、冷藏物品在庫內的堆碼要嚴格按照冷庫作業規章制度進行。要根據物品的屬性及需要儲存的期限等條件，選擇合適的貨位。比如，將儲存期較長的物品存放在冷庫靠里端的貨位，將儲存期較短的物品存放在靠近庫門的貨位，將易升溫的物品放在接近冷風口或排水管附近的貨位。要根據物品或包裝的形狀，采用合理的堆垛方式。
如凍白條肉碼垛時應采用肉皮向下、頭尾交錯、腹背相連、長短對齊、碼平碼緊的方式堆垛。貨垛的堆碼不能影響冷風的流動或者堵塞冷風口。貨垛要堆碼整齊、穩固，貨垛間距要合理。
冷庫內貨位堆垛的距離要求是：距凍結物冷藏間頂棚0. 2m；距冷卻物冷藏間頂棚0. 3m；距頂排管下側0. 3m；距頂排管橫側0. 2m；距無排管的墻0. 2m；距墻排管外側0. 4m；距冷風機周圍1. 5m；距風道底面0. 2m。
低溫冷凍庫的貨垛頂端與頂棚的間距應不小于0. 2m；冷庫的貨垛頂端與頂棚的間距不應小于0. 3m；貨垛頂端距庫頂排水管下側的間距、貨垛頂端與庫頂排水管橫側的間距均不得小于0. 3m；貨垛側面與沒有裝設冷排管的墻壁的間距不得小于0. 2m；貨垛與冷風機各個面的間距不應小于1. 5m。
氣調庫中碼放貨物的要求是：果蔬包裝箱堆放時，相互之間必須留有一定的空間，以利于庫內空氣流通，使儲藏物品的溫度與設計控制溫度相同。儲藏物堆放不能太高，與冷庫頂面有60 ~120cm的空間、與周邊墻面有50~80cm的距離，保持四周通風，有利于庫內氣體流通，使溫度分布均勻。
