清洗過程中加入殺菌劑，可大幅提高清洗效率，但為了保持原料清洗后仍有良好的價值，并避免殺菌劑成分與有機物反應生成有害的衍生物，引起食品安全的問題，挑選理想殺菌劑須考慮下列因素。
1.對主要的病原菌具殺菌作用。一般殺菌對象包括細菌、霉菌及酵母菌，對蔬菜中常見的病原菌，如單核細胞增生李斯特菌( Listeria monocytogenes )、金黃色葡萄球菌及大腸桿菌O157等應具有殺菌作用。
2.安全性高。許多洗滌力強的殺菌劑，如季銨鹽類，并不適用蔬菜的清洗，主要原因是可能造成安全上的問題，如致癌問題。
3.不受有機物影響。由于蔬菜原料含有機物質量相當高，因此所選用的殺菌劑不能因有機物存在而快速分解，造成無法有效發揮清洗效果。
4.無有害物質殘留。選用的殺菌劑除了容易使用外，最重要的是不能殘留有害物質，有些殺菌劑與有機物質作用后，會產生鹵化物形式的殘留，將可能造成食品安全問題。
5.不會影響產品品質。清洗消毒除了能有效降低微生物危害外，還要使產品組織和色澤必須保持自然，更不能有殺菌劑的味道而影響到產品風味。
