冷水機組一般為自動運行。當熱負荷減小時，冷水機組自動卸載而停機(屬自動停機)。自動停機時機組的供液電磁閥與制冷壓縮機聯動啟閉，不必進行任何操作。
當機組需停機時，應手動操作停機。手動操作時應注意以下幾點:
(1)將冷水機組的選擇開關轉到“卸載”位置。
(2)制冷壓縮機將自動卸載，到設定的低壓時會自動停機。壓縮機停機后關閉電源開關。
(3)停機20min后，關閉冷卻水和冷媒水系統。
(4)短時間停機不要關閉曲軸箱加熱器的電源。
(5)對于長時間停機，應將制冷劑貯存在冷凝器中，并關閉壓縮機的吸、排氣閥，擰緊閥上的閥帽。將蒸發器和冷凝器及管道內的水全部放出，防止冬季凍裂，然后關閉總電源。
當冷水機組出現不正常現象而發生故障時，保護裝置將動作，自動切斷電源而停機。同時有聲光報替信號，此時應立即查明原因并排除故障。
對于冷水機組的開、停運行情況及故障維修情況，應認真填入運行記錄，以便存檔備查。
冷水機組的潤滑油應每年全部換新，過濾網每年至少清洗一次。冷凝器和蒸發器每年應進行一次除污除垢，水系統每年應進行水質處理。
制冷系統中的制冷劑量要定期檢查，偏少時應在檢漏維修后補充。補充時在機組運行狀態下從壓縮機吸氣端充注。制冷劑的充入量，以規定工況下制冷壓縮機的低壓表和電流表指示值為正常數值為合適。
